В пропозиціях, зокрема, зазначає, що низкою положень закону (реєстр № 2481) передбачено відновлення пільгових режимів для суб’єктів спеціальних (вільних) економічних зон, територій пріоритетного розвитку та пріоритетних галузей промисловості. При цьому пропонований формат такого відновлення практично є поверненням до раніше діючих підходів при визначенні користувачів пільг. Ці підходи були неефективними як щодо залучення іноземних інвестицій, так і щодо впливу на прискорення розвитку регіонів, стимулювання в них інвестиційної та інноваційної діяльності, створення нових робочих місць, сприяння розвитку зовнішньоекономічних зв'язків і довели свою невідповідність меті створення спеціальних (вільних) економічних зон.
Комітет підтримує пропозицію Президента України про вилучення норм щодо оподаткування ВЕЗ з тим, щоб підготувати окремий закон з цього питання.
Не підтримана пропозиція Президента України про виключення із закону підпункту 2 пункту 4, згідно з яким звільняються від оподаткування операції з імпорту культурних цінностей, виготовлених п’ятдесят і більше років тому, які ввозяться фізичними особами для власних потреб.
Народні депутати вважають, що ввезення на територію України високого рівня культурних цінностей збагачує культурну спадщину країни і для таких культурних цінностей слід зробити пільговий режим оподаткування.
Підтримано пропозицією Президента України щодо виключення пункту 8, яким пропонується оподатковувати за ставкою у 5% доходи у вигляді дивідендів, нарахованих резидентом – емітентом корпоративних прав. Президент вважає, що зазначені податкові пільги стосуватимуться переважно заможних верств населення. До порівняльної таблиці внесено норму, відповідно дот якої вони будуть оподатковуватися за загальною ставкою 15 відсотків.
В пропозиціях також йдеться про те, що законом запроваджується видача податкового векселя в рахунок сплати податку на додану вартість при імпорті товарів, зокрема виробничих запасів. При цьому затвердження переліку таких товарів пропонується віднести до компетенції Кабінету Міністрів України. На думку Президента України, передбачені законом додаткові обмеження фактично віддають вирішення цих питань на розсуд Кабінету Міністрів України, що створює умови для "ручного" керування економічними процесами в державі, дискримінації суб’єктів підприємницької діяльності.
Комітет пропонує видавати векселі суб'єктам підприємницької діяльності по операціям з ввезення на митну територію України товарів, по яким встановлені коди з нульовою ставкою ввізного мита
Так, "Платники податку у разі імпорту товарів, щодо яких Митним тарифом України, затвердженим Законом України "Про Митний тариф України", встановлено нульову ставку ввізного мита (крім товарів, що входять до товарних позицій 2709 та 2711 згідно з УКТ ЗЕД), за власним бажанням можуть подавати, а митні органи зобов’язані прийняти податковий вексель на суму податкового зобов’язання із строком погашення на тридцятий календарний день після подання митному органу. Один примірник податкового векселя залишається в митному органі, другий надсилається митним органом на адресу органу державної податкової служби за місцем реєстрації платника податку, а третій примірник залишається у платника податку. Такий податковий вексель надається митним органам за умови оформлення митної декларації (за винятком тимчасової чи неповної, періодичної чи попередньої декларації) та за умови наявності у платника податку, відповідно до поданих податкових декларацій, права на відшкодування податку з бюджету за результатами попереднього звітного періоду (в межах сум вказаних у податкових деклараціях), якщо така заборгованість з відшкодування податку на день видачі податкового векселя не погашена відповідно до законів України".