Проект спрямований на узгодження Водного кодексу України із Земельним кодексом України, Бюджетним кодексом України, Законом "Про охорону навколишнього природного середовища", Декретом Кабінету Міністрів України "Про державне мито" з питань, що стосуються уточнення користування водними об‘єктами на правах оренди та ширини прибережних захисних смуг для різних категорій річок, компетенції органів виконавчої влади щодо управління та контролю за використанням і охороною вод та відтворення водних ресурсів, зарахування коштів до Державного бюджету за спеціальне використання води з водних об‘єктів загальнодержавного значення, сплати державного мита за порушення водного законодавства та доповнення складу його порушень тощо.
Відзначивши необхідність удосконалення законодавства з охорони, використання та відтворення водних ресурсів, а також приведення його у відповідність з іншими законами, звернуто увагу на ряд суттєвих недоліків законопроекту.
Зокрема, не врахований базовий принцип адміністративної реформи: розмежування господарських функцій та функцій управління і контролю. Не досягнута головна мета проекту – приведення Водного кодексу у відповідність з Земельним кодексом.
У законопроекті запропоновано ряд змін, з якими Комітет не може погодитись. Зокрема, віднесення до спеціально уповноважених органів державної влади у сфері використання і охорони вод та відтворення водних ресурсів центрального органу виконавчої влади з питань рибного господарства, що не є доцільним, оскільки ускладнить систему державного управління та суперечить принципу розмежування господарських функцій та функцій управління і контролю.
Члени Комітету також вважають, що стаття 30 "бори за спеціальне водокористування" у запропонованій редакції призведе до виключення водного транспорту з переліку платників збору за водокористування, та унеможливить розрахунки такого збору для берегових підприємств системи водного транспорту. Потребують доопрацювання статті стосовно розподілу повноважень між центральними, місцевими органами виконавчої влади та органами місцевого самоврядування, зокрема у частині організації роботи з винесення в натуру та влаштуванню прибережних захисних смуг вздовж річок, морів та навколо водойм тощо.