Законопроектом передбачається закріпити за бюджетом Автономної Республіки Крим податок на прибуток підприємств (крім підприємств комунальної власності) та акцизний збір з вироблених в Україні товарів (крім нафтопродуктів і транспортних засобів) як джерела доходів, що враховуються при визначенні міжбюджетних трансфертів та не визначати з бюджету Автономної Республіки Крим передачі коштів до державного бюджету. А плату за землю пропонується перенести до доходів, що не враховуються при визначенні міжбюджетних трансфертів.
На засіданні Комітету зазначалося, що згідно з чинним бюджетним законодавством, державний бюджет та місцеві бюджети складають єдину бюджетну систему, принцип єдності якої ґрунтується на взаємодії бюджетів усіх рівнів через використання регулюючих доходних джерел, їх перерозподіл з метою фінансового забезпечення завдань і функцій держави і місцевого самоврядування. Тому самостійність бюджетів не може означати довільного, без врахування визначених Конституцією та законами України державної політики та державних функцій, складання доходів і видатків відповідних територій. Це призвело б до порушень конституційних гарантій соціального захисту громадян та засад справедливого і неупередженого розподілу суспільного багатства між громадянами і територіальними громадами.
Суперечливою, на думку народних депутатів, є запропонована норма, згідно із якою доходи, що перевищують їх розрахунковий обсяг, який враховується при розрахунку міжбюджетних трансфертів, направляються для фінансування з бюджету Автономної Республіки Крим витрат, пов’язаних з реалізацією особливостей Автономної Республіки Крим. Така пропозиція також порушує принцип єдності бюджетної системи України, згідно з яким єдність бюджетної системи України забезпечується єдиною правовою базою, єдиним регулюванням бюджетних відносин, єдністю порядку виконання бюджетів. При цьому, запропонована норма не дає чіткого уявлення щодо напрямів використання таких коштів.