Народні депутати погодились з пропозиціями Президента до Закону за винятком пунктів розділу ІХ щодо механізму перевірки законопроектів на відповідність європейському праву.
Зауваження Президента України стосуються деяких положень Програми. Зокрема, розділу ІІІ, в якому визначено засади формування, основні напрями реалізації державної політики України щодо адаптації законодавства та перелічено основні політико-правові та організаційні засади такої адаптації. При цьому, вважає Президент України, не враховано зміни, які відбулися у сфері адаптації національного законодавства і європейської інтеграції України в цілому.
Розділ VІІІ Програми присвячено визначенню інституціонального механізму адаптації законодавства. Цим розділом визначено, що Верховна Рада України розглядає проекти законів, розроблені на виконання Програми, як невідкладні. Таким чином, передбачається розгляд у позачерговому порядку законопроектів, спрямованих на адаптацію законів України до законодавства ЄС, що внесені будь-яким суб'єктом права законодавчої ініціативи.
Зазначене положення Програми, йдеться у пропозиціях, не відповідає статті 93 Конституції України, за якою Президент України є єдиним суб'єктом права законодавчої ініціативи, що наділений правом визначати законопроекти як невідкладні, що породжує обов'язок Верховної Ради України розглядати їх позачергово.
В цьому розділі також визначено, що Міністерство юстиції України забезпечує проведення державної політики у сфері адаптації законодавства України до законодавства Європейського Союзу через урядовий орган державного управління, керівник якого призначається на посаду рішенням Кабінету Міністрів України за поданням Міністра юстиції України, погодженим з Комітетом Верховної Ради України з питань Європейської інтеграції.
Програмою на цей урядовий орган покладаються науково-експертне, аналітичне, інформаційне та методологічне забезпечення виконання Програми, переклад актів acquis communautaire на українську мову, підготовка глосарію термінів (абзаци шістнадцятий, сімнадцятий і двадцять другий).
З цього приводу Президент України зазначає, що вирішення питання про утворення урядових органів державного управління (департаменти, служби, інспекції), які діють у складі відповідного центрального органу виконавчої влади, належить до виключної компетенції Кабінету Міністрів України, який вирішує питання у кожному конкретному випадку на власний розсуд, діючи в межах коштів, передбачених на утримання органів виконавчої влади. Тому фактичне зобов'язання Кабінету Міністрів України утворити зазначений урядовий орган державного управління є втручанням у оперативну діяльність Кабінету Міністрів України, що не може розглядатися як визначення організації, діяльності, повноважень Кабінету Міністрів України, центральних органів виконавчої влади.