Метою Програми є комплексна реабілітація та розвиток сільськогосподарського виробництва на території, що зазнала радіоактивного забруднення внаслідок Чорнобильської катастрофи, покращання забезпечення населення, насамперед дітей, радіаційно безпечною сільськогосподарською продукцією, що сприятиме поліпшенню стану здоров'я населення, соціально-економічної та екологічної ситуації на цій території, її відновленню та раціональному використанню.
Основним пріоритетом у Програмі визначається забезпечення зниження сумарної дози опромінення населення, створення екологічно безпечних умов для його проживання і ведення господарської діяльності, а також зняття з радіоактивно забрудненої території обмежень щодо виробництва сільськогосподарської продукції та використання сільськогосподарських угідь.
Визначено, що Програма буде виконуватися в два етапи. На першому етапі (2007 — 2011 роки) передбачається:
відродження інтенсивного товарного агропромислового виробництва;
створення виробничих потужностей для переробки радіоактивно забрудненої сировини;
створення підприємств з переробки молока, лісових грибів та ягід, консервних мінізаводів, хлібопекарень, тощо.
На другому етапі (2012 — 2016 роки) передбачається:
забезпечення розвитку інтенсивного товарного сільськогосподарського виробництва;
оптимізація системи радіологічного моніторингу сільськогосподарських угідь та продукції;
здійснення реабілітації земель сільськогосподарського призначення, раніше виведених із господарського використання тощо.