У зв´язку з набранням чинності Законом "Про державну реєстрацію юридичних осіб та фізичних осіб підприємців" на практиці виникла низка проблем щодо державної реєстрації неприбуткових, зокрема релігійних, організацій, а саме: запровадження подвійної реєстрації зазначених суб´єктів (за цим законом та за спеціальним законодавством) і, як наслідок, збільшення строку реєстрації, значне ускладнення набуття статусу юридичної особи, подвійне внесення реєстраційної плати.
Закон, що надійшов на підпис, зазначає Президент України, "на жаль, не повною мірою усуває цю колізію. Натомість, законом поряд із реєстрацією статутів релігійних громад в обласних, Київській, Севастопольській міських державних адміністраціях відповідно до Закону України "Про свободу совісті та релігійні організації" запроваджується їх реєстрація в територіальних органах Міністерства юстиції України (пункт 3 статті 2 розділу І Закону, що надійшов на підпис)".
Така ситуація, вважає Президент України, негативно позначилася на реалізації громадянами передбаченого частиною першою статті 35 Конституції України права на свободу віросповідання, яке включає свободу безперешкодно відправляти колективно релігійні культи і ритуальні обряди, вести релігійну діяльність, і не відповідає частині другій зазначеної статті Основного Закону України, за якою здійснення цього права може бути обмежене законом лише в інтересах охорони громадського порядку, здоров´я і моральності населення або захисту прав і свобод інших людей.
У зв´язку з викладеним, Президент України пропонує переглянути закон у частині порядку реєстрації релігійних громад і передбачити механізм, який виключатиме подвійну реєстрацію таких громад.