Перші пропозиції Президента України до закону, прийнятого Верховною Радою України 06.09.05р. стосувались лише статей 18 і 22 законодавчого акту. Зауваження до ст.18 зводилось до питання відповідності вимогам норм ГАТТ-СОТ, було підтримано і враховано при розгляді пропозицій Президента в остаточній редакції закону, а ст.22 була прийнята в новій редакції.
Таким чином, Верховна Рада України, прийнявши 29.11.2005р. Закон України "Про державне регулювання у сфері трансферу технологій" в новій редакції, практично повністю врахувала пропозиції Президента України за виключенням ст.22.
Президент України повторно застосував право вето щодо прийнятого закону. При цьому зауваження стосуються не лише ст.22, а й статей 1, 10, 12-14, 19, 20, з редакцією яких Президент України фактично раніше вже погодився. І хоча, на думку народних депутатів України – членів Комітету, із зауваженнями в принципі можна погодитись за встановленою процедурою, ці зауваження мали б знайти відображення у попередніх пропозиціях. Інакше створюється прецедент перманентного перегляду норм, вже проголосованих у Верховній Раді України і фактично погоджених з Президентом України.
Комітет вирішив погодитися з пропозиціями Президента України в частині дії частини першої статті 10, частини першої статті 12, статей 20 – 22.
А саме, Комітет погоджується із запропонованим Президентом України визначенням поняття "трансфер технології" (статті 20 – 22).
Частиною першою статті 10 Закону встановлено, що головні розпорядники за бюджетними призначеннями, передбаченими законом про Державний бюджет України, можуть передавати (за певних умов) підприємствам, установам та організаціям, де застосовуватиметься певна технологія, майнові права на технології, що створені за державні кошти.
Комітет погоджується з пропозицією щодо виключення слів "за бюджетними призначеннями, передбаченими законом про Державний бюджет України" з частини першої статті 10 Закону.
Комітет не погоджується з пропозицією Президента України до частини першою статті 12 Закону щодо проведення державної експертизи стосовно технологій або технологій і обладнання, що використовуються для їх застосування, які імпортуються в Україну за рахунок державних коштів, якщо сума купівлі дорівнює або перевищує розмір суми, визначеної для відповідних процедур закупівель Законом України "Про закупівлю товарів, робіт і послуг за державні кошти". Таким чином, не підпадають під державну експертизу та контроль усі інші технології, які імпортуються в Україну, а також усі вітчизняні технології, які закуповуються за рахунок державних коштів.
Статтею 20 Закону встановлюється, що кошти, одержані від трансферу технологій, створених або придбаних за рахунок державних коштів, підлягають зарахуванню до Державного бюджету України на рахунки головних розпорядників бюджетних коштів.
Комітет погоджується з пропозицією Президента України, що бюджетні призначення на видатки за рахунок конкретно визначених джерел надходжень включаються до спеціального фонду Державного бюджету України. Таким чином пропонується абзац перший частини першої статті 20 Закону після слів "підлягають зарахуванню до" доповнити словами "спеціального фонду".
Комітет також погоджується виключити статтю 22 із Закону. Зазначені зміни стосуються того, що на трансфер технологій, який здійснюється за пріоритетними напрямами інноваційної діяльності загальнодержавного рівня, встановлюється режим його цільового субсидіювання у розмірах сум ввізного мита, податку на додану вартість по операціях з продажу товарів (виконання робіт, надання послуг) і податку на прибуток підприємств, що може бути одержаний у разі виконання проектів трансферу технологій.
Таким чином, фактично пропонується виключити надання пільг з оподаткування певних суб'єктів трансферу технологій.