Голова Комітету Василь Онопенко зазначив, ліквідація військових судів викликана введенням у дію з 1 вересня 2005 року Цивільним процесуальним кодексом України, який не передбачає категорії справ підсудних військовим судам.
Комітет вважає, що при вирішення порушеного питання слід зважати передусім на те, що до компетенції військових судів поряд з цивільними справами віднесено розгляд окремих категорій кримінальних справ, передбачених статтею 36 Кримінально-процесуального кодексу України. Крім того, проект Кримінально-процесуального кодексу України, який вирішить питання про підсудність кримінальних справ військовим судам, тільки готується до другого читання Комітетом з питань законодавчого забезпечення правоохоронної діяльності.
Також положенням Кодексу адміністративного судочинства передбачено, що після набрання чинності Кодексом адміністративного судочинства, військові суди завершують розгляд заяв і скарг, які подані і не розглянуті до набрання чинності цим Кодексом у справах, що визначені статтею 17 Кодексу.
Відповідно до Закону "Про судоустрій України", військові суди належать до загальних судів і здійснюють правосуддя у Збройних силах України та інших військових формуваннях, утворених відповідно до закону. Після набрання чинності цього закону, військові суди гарнізонів продовжують діяти як місцеві загальні суди, а апеляційні військові суди регіонів та апеляційний суд Військово-Морських Сил України як апеляційні загальні суди. За словами В.Онопенка, "Вищезазначені суди продовжують здійснювати судочинство у кримінальних і цивільних справах, а також у справах, що виникають з адміністративно-правових відносин, віднесених процесуальним законом до їх підсудності, у встановленому законом порядку, до введення в дію відповідних процесуальних законів, якими встановлюється новий порядок судочинства, відповідно до цього закону".
Комітет вважає, що питання про остаточну і повну ліквідацію військових судів може бути вирішене лише після введення в дію відповідних процесуальних кодексів, які не передбачатимуть справ, підсудних військовим судам. Члени Комітету також рекомендують Президенту України та Голові Верховного Суду України здійснювати ліквідацію військових судів поетапно з огляду на врегулювання питання підсудності справ військовим судам процесуальними кодексами.