Протоколом вносяться зміни до положень УПС, які обумовлюються втратою чинності деякими європейськими документами, зокрема, Угодою про заснування Європейського Співтовариства вугілля і сталі. Зміни до положень УПС також враховують розвиток договірної бази Європейської Енергетичної Хартії та передбачають відповідну корекцію посилань на ці міжнародні організації у тексті УПС.
Відповідно до статті 5 Протоколу, він тимчасово застосовується у відносинах між Україною та Європейськими Співтовариствами та їх державами-членами з 1 травня 2004 року.
Члени Комітету зазначили, що набуття Протоколом чинності означатиме завершення процесу перегляду договірно-правового режиму співробітництва України з 10 новими державами-членами ЄС. Одностороння денонсація новими державами-членами ЄС низки двосторонніх угод з Україною, насамперед у торговельно-економічній сфері, призвела до заміни встановлених цими угодами режимів економічних відносин на єдиний режим в рамках УПС. У більшості випадків договірно-правова природа цих змін була незначною, оскільки переважна частина двосторонніх угод встановлювала режим найбільшого сприяння, який також передбачається УПС. Винятком є лише припинення чинності угод про вільну торгівлю України з Естонією, Латвією та Литвою. Втім, небажаний вплив цих змін на зовнішню торгівлю України в цілому є невеликим з огляду на незначну частку торгівлі з країнами Балтії у зовнішньоторговельному балансі нашої держави.