Зокрема, у частині п´ятій статті 1 врахована пропозиція Президента (реєстр.№0857), з урахуванням якої "не можуть бути метою створення тимчасової слідчої комісії діяльність судів зі здійснення правосуддя, встановлення винуватих осіб у скоєнні злочину, а також питань, які є предметом діяльності спеціальної тимчасової слідчої комісії".
Враховане також заперечення Президента щодо того, що "Закон допускає вилучення документів з володіння особи без вмотивованого рішення суду, що не відповідає нормам статей 30, 41 Конституції України щодо права на недоторканність житла чи іншого володіння особи та порядку примусового відчуження об'єктів приватної власності". З урахуванням заперечення, "слідча комісія має право прийняти рішення про вилучення необхідних для її розслідування документів за винятком тих, які знаходяться у житлі особи чи іншому володінні".
Інші пропозиції Президента щодо Закону "Про тимчасові слідчі комісії, спеціальну тимчасову слідчу комісію і тимчасові спеціальні комісії Верховної Ради України", прийнятого Верховною Радою України 22 березня 2007 року, враховано частково або відхилено.