Законопроектом №2354а для забезпечення ефективної реалізації повноважень Кабінету Міністрів України, координації дій органів виконавчої влади, попереднього розгляду проектів нормативно-правових актів, проектів концепцій, інших документів, що подаються на розгляд Кабінету Міністрів, передбачається: утворити урядові комітети як обов'язкові робочі органи Кабінету Міністрів; з метою розбудови професійного державного апарату в Кабінеті Міністрів та міністерствах запровадити посади державних секретарів; розмежувати поняття департаментів міністерств, як основних структурних підрозділів апарату міністерства, що утворюються для забезпечення виконання завдань міністерства в окремій сфері повноважень, та секретаріату, як постійно діючого структурного підрозділу, що здійснює організаційне, правове, матеріально-технічне та інше забезпечення діяльності міністерства, тощо.
Члени Комітету, загалом підтримуючи ініціативу авторів законопроекту щодо подальшого вдосконалення організації та діяльності Уряду та центральних органів виконавчої влади, зауважили, що окремі положення проекту обмежують конституційні повноваження Президента України. Так, відповідно до пункту 10 частини першої статті 106, частини четвертої статті 114 Конституції України Міністр оборони України, Міністр закордонних справ України призначаються Верховною Радою України за поданням Президента України. Натомість, підпунктом 3 пункту 1 розділу І Законопроекту пропонується внести зміни до частини четвертої статті 9 Закону України "Про Кабінет Міністрів України", встановивши обов'язок Президента України погоджувати кандидатури на посади Міністра оборони України та Міністра закордонних справ України з Прем'єр-міністром України.
Змінами до статті 8 Закону "Про Кабінет Міністрів України" пропонується встановити строк подання коаліцією депутатських фракцій у Верховній Раді України Президенту України пропозиції щодо призначення Прем'єр-міністра України, а саме "не пізніше ніж на 30-й день після виникнення вакансії". Народні депутати зазначили, що і Конституцією України і Законом "Про Кабінет Міністрів України" запроваджена концепція безперервності влади, за якої неможливою є виникнення "вакансії" Прем'єр-міністра України, що ставить під сумнів дієвість та ефективність зазначених змін.
Члени Комітету також зауважили, що законопроект містить ряд інших неточностей та неузгодженостей техніко-юридичного характеру, які однак нівелюють правові підходи, визначені Конституцією України та конституційно-правовою доктриною. Зокрема, змінами до статті 12 Закону України "Про Кабінет Міністрів України" пропонується встановити однією з підстав відставки Кабінету Міністрів України складення ним повноважень перед новообраною Верховною Радою України. Разом з тим, Конституція України наділяє зазначені підстави різним правовим та політичним навантаженням.
Законопроектом пропонується виключити статтю 24 Закону "Про центральні органи виконавчої влади", що регулює особливості правового статусу центральних органів виконавчої влади зі спеціальним статусом, зокрема, Антимонопольного комітету України, Фонду державного майна України, Державного комітету телебачення і радіомовлення України. Однак, жодного обґрунтування таких законодавчих новел автори законопроекту не навели. Особливий статус означених органів та сфера їх діяльності зумовили необхідність запровадження додаткових правових гарантій забезпечення стабільної та незалежності діяльності цих органів на конституційному рівні (призначення їх голів на посади за поданням Прем'єр-міністра України та звільнення з посад Верховною Радою України згідно з пунктом 12 частини першої статті 85 Конституції України) та встановлення інших відмінностей законодавчого регулювання їх діяльності.
Народні депутати зауважили, що вилучення приписів статті 24 зазначеного Закону без належного обґрунтування виглядає як позбавлення цих органів спеціального статусу. Крім того, пропоновані зміни вимагають внесення відповідних змін до законів, які регулюють правовий статус зазначених органів, зокрема законів України "Про Антимонопольний комітет України", "Про Фонд державного майна України" тощо.
Члени Комітету також висловили зауваження щодо запропонованих законопроектом підходів утворення та розмежування інших центральних органів виконавчої влади (крім міністерств), а також ідеї позбавлення міністерств можливості здійснення своїх повноважень через територіальні органи.