На засіданні Комітету представником Рахункової палати вказувалося, що впродовж 2013 – 2014 років використання органами виконавчої влади коштів Державного бюджету України, виділених на забезпечення їх діяльності, здійснювалося в умовах постійних організаційних змін шляхом утворення нових, реорганізації, ліквідації, змін підпорядкування та перейменування існуючих органів. В цілому у стані організаційних і структурних перетворень перебували 17 центральних органів виконавчої влади, що потребувало додаткових витрат Державного бюджету України, пов’язаних з проведенням таких заходів.
Згідно з інформацією Рахункової палати, проведена відповідно до постанови Кабінету Міністрів України від 10.09.2014 р. № 442 оптимізація системи центральних органів виконавчої влади не ґрунтувалася на результатах комплексного функціонального обстеження цих органів, внаслідок чого намічені цілі не були досягнуті, а процес їх реорганізації продовжувався у часі. Запроваджені Кабінетом Міністрів України у 2014 році заходи з економії бюджетних витрат на утримання апаратів центральних органів виконавчої влади були проведені без урахування специфіки і сфер діяльності кожного конкретного органу, переліку їх функціональних повноважень та фактичного, неспівставного з потребами, стану забезпечення фінансовими і матеріальними ресурсами.
Як стверджує Рахункова палата, вжиті Урядом заходи із зменшення видатків на оплату праці посадових осіб органів державної влади порівняно з 2012 роком призвели до економії лише на 622 млн. грн. (5,7 відсотка). Проте таке зменшення спричинило зниження матеріальної зацікавленості працюючих в цих органах, а відтак значну плинність кадрів та необхідність проведення постійних змін структур, штатних розписів, положень про структурні підрозділи та посадових інструкцій працівників, порушення змісту існуючої системи оплати праці державних службовців, а також призвело до істотних диспропорцій в умовах оплати праці окремих категорій працівників, особливо керівного складу.
За інформацією Рахункової палати, чинна на сьогодні нормативно-правова база, яка регулює діяльність центральних органів виконавчої влади, має суттєві прогалини, зокрема, положення про 12 центральних органів виконавчої влади, а також гранична чисельність працівників окремих новоутворених органів не затверджені, що унеможливлює належне виконання ними покладених завдань та функцій.